Dalam menjalankan kegiatan kemanusiaannya BSMI berdasarkan pada prinsip-prinsip berikut
1. Keihklasan
BSMI dalam melaksanakan tugasnya selalu membawa niat suci dan tulus. Aktivitas kerjanya tidak ditujuan untuk mencari keuntungan pribadi atau golongan, melainkan hanya mengharapkan keridhaan Allah ‘Azza Wa Jalla
2. Amanah
Dalam bekerja BSMI selalu berusaha untuk bekerja sesuai dengan tanggung jawab yang diembannya
3. Profesionalitas
BSMI selalu mengusahakan keterampilan dan keahlian yang memenuhi standar gerakan kemanusiaan dalam setiap aksi kemanusiaannya
4. Kemanusiaan
Aktivitas yang dilakukan BSMI merupakan gerakan yang lahir dari keprihatinan yang mendalam terhadap kasus-kasus kemanusiaan di dunia, dan khususnya di Indonesia. Maka dari itu tujuan utama didirikannya lembaga ini adalah untk memberikan kontribusi maksimal bagi penyelesaian kasus-kasus kemanusiaan
5. Kesamaan
BSMI menjunjung tinggi nilai-nilai kemanusiaan. Maka dari itu dalam aktivitasnya BSMI tidak membedakan korban kemanusiaan berdasarkan apa pun kecuali penderitaannya. Sehingga seluruh kerja BSMI ditujukan untuk meringankan penderitaan manusia tanpa memandang Agama, ras, warna kulit, kelas, kewarganegaraan aspirasi politik maupun penyebab penderitaannya
6. Kenetralan
Dalam aksi kemnusiaan yang dijalankan BSMI tidak boleh memihak ketika menemukan permusuhan atau pertikaian yang bersifat politis, rasial, keagamaan maupun ideologis
7. Kemandirian
BSMI dalam menjalankan aksi kemanusiaannya tidak bergantung kepada siapa pun
8. Kesatuan
Dalam aktivitas kemanusiaannya BSMI membuka luas lingkup kerja sama dengan berbagai pihak
9. Kesemestaan
Ruang Lingkup BSMI tidak dibatasi oleh batasan geografis, maupun politis, artinya ruang kerja BSMI mencakup nasional dan internasional
